电子显微镜平台包括透射电子显微镜及扫描电子显微镜。
电镜室现有FEI Tecnai Spirit G2 Twin透射电镜一台。同时，配有扫描透射工作模式配件(STEM)，以及OXFORD Instruments X-Max能谱仪。利用该设备可以进行薄样品（60-80nm）和厚样品（150-200nm）的TEM和STEM观察，以及生物样品中元素的能谱点分析、线分析及面分析工作。另外，与之配套的制样设备可以完成高品质、高保真的生物薄样品制备，是徐州唯一的生物特色电镜平台。
电镜室于2015年新购入全国第一台FEI Teneo Volume Scope扫描电子显微镜，既可以出色地完成常规的扫描观察，同时其内置钻石刀可以实现样品的连续切片及三维重构（Z轴分辨率可达到10mm）。另外，与之配套的制样设备（修块机、临界点干燥仪、镀膜仪）可以完成高品质的扫描电镜样本制备。
